Bali zawsze pozostawało pod dominacją polityczną i kulturalną sąsidującej z nią Jawy. Wchodziło w skład kolejnych królestw, których ośrodkiem była Jawa. W XVI wieku Bali zyskało niezależność polityczną, a po podboju Jawy przez muzułmanów stało się centrum bogatej, oryginalnej indonezyjskiej kultury, która cechowała się bogatą ornamentyką, z motywami roślinnymi, fantastycznymi, występującymi w malarstwie na tkaninach, rzeźbie w kamieniu i drewnie.

W epoce kolonialnej przez długi czas zachowywało niezależność. W 1839 roku Bali uznało zwierzchność Holendrów, którzy w 1908 r. przejęli rządy nad wyspą. W latach 1942-1945 Bali było okupowane przez Japończyków. W 1946 roku zostało jednak zwrócone Holendrom. W 1949 roku weszło w skład Indonezji, a po reformie administracyjnej z 1950 stało się prowincją.

12 października 2002 w dokonano zamachu terrorystycznego na dwa nocne kluby. W wyniku zamachu zginęły 202 osoby a ponad 200 zostało rannych. Wśród zabitych była polska dziennikarka - Beata Pawlak.